Ekstraksi DNA Ikan dengan Metode Salting Out

Ekstraksi DNA Ikan dengan Metode Salting Out
Dewasa ini ekstraksi Whole DNA metode Salting Out banyak dipakai oleh para peneliti genetika di bidang ikan karena memakai garam (NaCl) dan deterjen (sodium dodecyl sulphate / SDS) yang ramah lingkungan dan tidak beracun sebagai bahan baku.

1. Sebelum memulai, siapkan dahulu Lysis Buffer, Proteinase K 20 mg/ml, NaCL 6 M, Isopropanol, Ethanol 70%, dan Tris-EDTA alias TE 1x.

a. Cara membuat 20 mL Lysis Buffer, masukkan ke tabung propilen 50 ml bahan-bahan sbb:
NaCl 0.4 M, jika stok yang tersedia 1 M, maka ambil 1,33 mL.
Tris-HCl pH 8.0
EDTA 2 mM pH 8.0
20% SDS (konsentrasi akhir 2%)
Air Destilasi, isi sampai total campuran mencapai 20 mL
b. Cara membuat 1 mL Proteinase K dengan konsentrasi 20 mg/ml, masukkan ke tabung eppendorf 1.5 mL bahan-bahan sebagai berikut:
Proteinase K (dari pabrik biasanya bentuk bubuk) sebanyak 0.02 g
CaCl2 10 uL
Tris-HCl 20 uL
Gliserol 500 uL
Air Destilasi 470 uL
campurkan hingga semua bahan-bahan semuanya larut, lalu bungkus tube dengan aluminium foil. Simpan di freezer suhu -20 derajat Celcius

2. Masukkan Lysis Buffer sebanyak 400 uL kedalam tabung eppendorf 1.5 mL dan Proteinase K 20 mg/mL sebanyak 10uL.

3. Gunting secuil sirip ikan (1 x 1 mm), masukkan ke Lysis buffer dan hancurkan atau potong kecil-kecil sampai lembut dengan gunting kecil.

4. Inkubasi dalam waterbath suhu 55 derajat celcius selama semalam.

5. Keesokan harinya, angkat tabung eppendorf dari waterbath, tambahkan NaCl 6M sebanyak 300 uL, bolak-balikkan tabung selama sekitar 1 menit agar larutan homogen.

6. Putar di sentrifus dengan kecepatan 10.000 rpm selama 30 menit - suhu kamar.

7. Angkat, dan pindahkan supernatan (cairan yang bening) ke tabung eppendorf 1.5 mL yang baru sebanyak 450 uL dengan menggunakan micropipet . Awas....bagian keruh dari endapan jangan sampai terambil.

8. Pada supernatan, tambahkan isopropanol sebanyak 450 uL, bolak-balikkan tabung selama sekitar 1 menit agar larutan homogen, lalu simpan di freezer suhu -20 derajat Celcius selama satu jam.

9. Setelah satu jam, masukkan ke sentrifus dan putar dengan kecepatan 10.000 rpm selama 20 menit - suhu normal.

10. Buang supernatan dengan cepat agar endapan DNA di bagian bawah tidak ikut terbuang. Lalu tambahkan Ethanol 70%. Bolak-balikkan tabung selama sekitar 1 menit sampai homogen.

11. Putar di sentrifus dengan kecepatan 10.000 rpm selama 20 menit - suhu kamar.

12. Buang supernatan dengan cepat agar endapan DNA di bagian bawah tidak ikut terbuang, lalu keringkan tabung dalam kondisi terbalik dengan tutup terbuka seperti pada gambar berikut:

13. Setelah kering (biasanya sekitar 1-1.5 jam) tambahkan TE 1x sebanyak 50 uL, lalu inkubasi ke waterbath suhu 65 derajat celcius selama 1 jam.

Sekarang anda sudah punya DNA didalam tabung tersebut. Untuk mengecek konsentrasi DNA yang baru saja anda ekstrak / isolasi. Anda bisa menggunakan Nanodrop spektrofotometer atau melalui 1% Agarose Gel elektroforesis dengan membandingkannya dengan Lambda DNA, atau standard ladder yang telah diketahui konsentrasinya.

Whole DNA siap untuk dipakai. Selamat mencoba !

Untuk bahan bacaan lebih lanjut silahkan baca

Aljanabi, S.M. and I. Martinez (1997). Universal and Rapid salt-extraction of high quality genomic DNA for PCR-based techniques. Nucleic Acid Research 25 (22): 4692-4693.

Transformation in Bacteria

Transformation in Bacteria:

Virus Lytic Cycle

Virus Lytic Cycle:

Parasetamol (paracetamol) atau Asetaminofen

Paracetamol:

Dari sekian banyak obat anti pilek semuanya mengandung satu unsur utama, yaitu Parasetamol (paracetamol) atau Asetaminofen. Parasetamol sebenarnya sudah ditemukan sekitar 1880 saat ilmuwan bekerja mencari penanggulangan malaria, namun penemuan tersebut masih diabaikan. Pada tahun 1956 perusahaan Inggris Frederick Stearns & Co memproduksi Parasetamol dalam bentuk merek dagang Panadol (saya baru tahu kalo nama ini merek dagang yang sudah lama), dan dua tahun kemudian Panadol Elixir diproduksi sebagai obat untuk anak-anak. Di tahun 1963 paten Parasetamol berakhir dan menjadi nama generik hingga sekarang.

Hingga kini, paracetamol telah berkembang pesat dalam berbagai bentuk sediaan, teblet chewable, eliksir, drops dan suspensi drops yang dikemas khusus untuk bayi dan anak-anak. Umumnya obat ini diberikan untuk meringankan gejala demam, nyeri, dan rasa tak nyaman karena masuk angin, flu, atau karena imunisasi dan pertumbuhan gigi.

Dalam golongan obat analgetik, parasetamol atau nama lainnya asetaminofen memiliki khasiat sama seperti aspirin atau obat-obat non steroid antiinflamatory drug (NSAID) lainnya. Seperti aspirin, parasetamol berefek menghambat prostaglandin (mediator nyeri) di otak tetapi sedikit aktivitasnya sebagai penghambat postaglandin perifer.

Namun, tak seperti obat-obat NSAIDs, obat ini tidak memiliki aktivitas antiinflamasi (antiradang) dan tidak menyebabkan gangguan saluran cerna maupun efek kardiorenal yang tidak menguntungkan. Karenanya cukup aman digunakan pada semua golongan usia.

Selama bertahun-tahun digunakan, informasi tentang cara kerja parasetamol dalam tubuh belum sepenuhnya diketahui dengan jelas hingga pada tahun 2006 dipublikasikan dalam salah satu jurnal Bertolini A, et. al dengan topik Parasetamaol : New Vistas of An Old Drug, mengenai aksi pereda nyeri dari parasetamol ini. Ternyata di dalam tubuh efek analgetik dari parasetamol diperantarai oleh aktivitas tak langsung reseptor canabinoid CB1. Di dalam otak dan sumsum tulang belakang, parasetamol mengalami reaksi deasetilasi dengan asam arachidonat membentuk N-arachidonoylfenolamin, komponen yang dikenal sebagai zat endogenous cababinoid. Adanya N-arachidonoylfenolamin ini meningkatkan kadar canabinoid endogen dalam tubuh, disamping juga menghambat enzim siklooksigenase yang memproduksi prostaglandin dalam otak. Karena efek canabino-mimetik inilah terkadang parasetamol digunakan secara berlebihan.

Paracetamol sebernarnya jarang memberi efek samping yang serius apabila digunakan sesuai dengan petunjuk. Beberapa isu yangmenyebutkan bahwa obat ini terkait dengan asma pada anak-anak juga belum terbukti secara klinis. Hanya kadang obat ini bisa menimbulkan ruam atau gatal-gatal pada beberapa orang tertentu. Penggunaan yang berlebihan dan dalam jangka panjang perlu diwaspadai karena bisa memicu kerusakan hati. Perlu diperhatikan juga beberapa tanda overdosis dari parasetamol misalnya jika terdapat gejala mual, muntah, lemas dan keringat berlebih.


Beberapa poin penting yang perlu dicermati dalam penggunaan paracetamol :

- Hentikan penggunaan parasetamol bila demam berlangsung lebih dari 3 hari atau nyeri semakin memburuk lebih dari 10 hari, kecuali atas saran dokter.

- Bagi ibu hamil dan menyusui, konsultsikan dengan dokter jika hendak menggunakan obat ini.

- Orang dengan penyakit gangguan liver sebaiknya tidak menggunakan obat ini.

- Konsultasikan dengan dokter sebelum mengkombinasi parasetamol dengan obat-obat NSAID, antikoagulan (warfarin), ataupun kontrasepsi oral.

- Penggunaan parasetamol bersama alkohol dpat meningkatkan toksisitas hati.

- Konsumsi vitamin C dosis tinggi dapat meningkatkan kadar parasetamol dalam tubuh.



Paracetamol termasuk aman dikonsumsi tanpa efek candu seperti obat narkotika. Untuk orang dewasa umumnya dosis dikonsumsi sebesar 500mg, bisa dilihat pada komposisi berbagai merek obat pilek kandungan Asetaminofen ini antara 400-600mg selain kandungan lain dalam kadar rendah, tergantung merek obatnya. Meskipun aman jangan mengkonsumsi Parasetamol lebih dari 5 gram (weh, siapa yang minum 10 tablet lebih?) dalam sehari, apalagi untuk seorang pecandu alkohol, malah bisa menyebabkan kerusakan liver.

Jadi, jika anda pilek jangan ragu untuk minum obat jenis ini, karena aman dan anda tidak akan kecanduan, tidak seperti antibiotik yang harus hati-hati (HARUS dimakan habis dosisnya) dan harus atas resep dokter.

  

aku

jam

Free Clock





Free Clock  sumber : http://www.hitarek.com/clockKids1.html  

REAKSI KIMIA SPEKTAKULER

REAKSI KIMIA SPEKTAKULER: